- Sempre nella navata centrale, più in direzione dell'originale facciata, una lunga epigrafe con i nomi dei donatori dei mosaici, diviso in base al numero dei "piedi" finanziati. Dell'edificio di questa epoca si conservano anche parti del muro settentrionale e di quello meridionale. Tra l'VIII e l' XI sec. d.C. la chiesa mantiene le proporzioni precedenti anche se vengono realizzate numerose modifiche concentrate soprattutto nell'area presbiteriale: rifacimento dell'abside, costruzione di due torri campanarie, cappella meridionale con sacello a croce, trasformazione delle colonne originali in pilastri a pianta rettangolare. A questo periodo risale il pavimento in cotto con frammenti marmorei e lapidei di riutilizzo, steso a circa 20 centimetri sopra quello musivo, di cui sono visibili delle parti. L'ultima fase, quella romanica, conobbe le maggiori trasformazioni della chiesa. L'edificio fu rialzato, sette pilastri per lato divisero le tre navate, una cappella settentrionale speculare a quella altomedievale diede vita a una pianta a transetto. A questo periodo risale anche il nuovo pavimento in cotto a circa 65 cm sopra il precedente. "Controverse sono le ipotesi relative alla cripta - spiegano gli archeologi Lorenza Camin e Fabrizio Paolucci - secondo quella più accreditata fu realizzata sotto la navata centrale già nell'XI secolo, per essere poi ampliata nel corso del XIII sino ad occupare le navate laterali". La chiesa venne decorata con affreschi e continuò a essere un luogo di sepoltura privilegiato fino alla fine del XIV secolo, quando il cantiere della nuova cattedrale era in un'avanzata fase di esecuzione.