L'anno del trionfo, per Nicky Hayden, è stato il 2006: grazie a nove podi nelle prime undici gare e due vittorie (Assen e Laguna Seca), l'americano mantiene la leadership della classifica iridata per quasi tutta la durata del campionato mondiale, dal terzo GP fino al penultimo, per un totale di tredici gare. A sei gare dal termine è a 34 punti di vantaggio dal secondo classificato Daniel Pedrosa ed a 51 da Valentino Rossi, mentre a due gare dal termine conserva 12 punti di vantaggio da Rossi. Al GP del Portogallo, penultimo gran premio della stagione, viene trascinato fuori pista dal suo compagno di squadra Pedrosa, e Rossi con il secondo posto si porta in testa alla classifica iridata con 8 punti di vantaggio. Ma il 26 ottobre all'ultimo Gran Premio della stagione, a Valencia, Rossi, partito dalla pole position, scivola nel tentativo di rimontare gli avversari mentre Hayden giunge al terzo posto, diventando campione del mondo.