Tomaso Montanari si difende dagli attacchi di molti politici del centrodestra che lo accusano di minimizzare le foibe: "Siamo di fronte a una grande campagna di diffamazione che falsifica le cose come al solito, quando si ha a che fare con i fascisti. Nessuna negazione delle foibe, ma una critica molto radicale al Giorno del ricordo per come è stato concepito". Sull'eccidio delle comunità italiane al confine orientale, avvenuto tra il '43 e il '45 da parte del movimento di liberazione sloveno e croato e dalle milizie dello stato iugoslavo di Tito, il professore, in una intervista a La Stampa contrattacca; "Sono stato linciato e nessuna istituzione ha difeso l'autonomia dell'università".
E ancora: "È tipico dei neofascisti italiani cambiare le carte in tavola e alterare la verità storica. Sto seriamente pensando di chiedere i danni a tutti coloro che mi definiscono negazionista, sfidandoli a trovare un luogo in cui abbia negato l'esistenza delle foibe". Ma, insiste Montanari: "La falsificazione è sostenere che le foibe sono uguali all'Olocausto. Questo è il progetto che mi pare stia a cuore ai neofascisti e alle destre italiane. Lo dimostra un ddl che vorrebbe equiparare, anche sul piano penale, la negazione delle foibe con la negazione della Shoah".
Pure il presidente Mattarella ha definito le foibe "un orrore". "Naturalmente le foibe furono una tragedia, come lo furono i bombardamenti americani sulle città italiane e le bombe atomiche su Hiroshima e Nagasaki. La guerra è fatta di terribili atrocità. La maggioranza degli storici ha dimostrato però come i numeri delle foibe siano incomparabili rispetto a quelli citati dalla destra italiana. Non ci sono milioni di infoibati, probabilmente i morti furono circa cinquemila, tra i quali molti erano fascisti e nazisti, altri erano innocenti". E c'è chi chiede le sue dimissioni... "Non pretendo che tutti condividano, ma chiedere le mie dimissioni da rettore a me pare una cosa molto grave, peraltro io entrerò in carica a ottobre. È nel ventennio fascista che la politica rimuoveva i rettori".