La Cassazione, in una corposa relazione, ha espresso dubbi di costituzionalità sul protocollo Italia-Albania e in particolare sul trattenimento dei cittadini stranieri, In particolare, ha evidenziato delle criticità spiegando che "la dottrina ha espresso numerosi dubbi di compatibilità con la Costituzione e con il Diritto internazionale, soffermandosi poi specificamente sul rapporto tra il Protocollo e il diritto dell'Unione". Nella relazione redatta dall'ufficio del massimario e del ruolo la Suprema Corte ha parlato della possibile violazione di diversi diritti, da quello alla salute a quello di difesa. L'intesa, secondo i giudici, omette di "individuare con precisione la categoria di persone cui l'accordo si riferisce e limitandosi a individuarli come 'migranti'...ingenera una complessiva disparità di trattamento tra gli stranieri da condurre in Italia e i 'migranti' da trasferire in Albania".
L'accordo, poi, rappresenterebbe un possibile ostacolo al diritto di asilo: secondo la Cassazione, mancherebbe una "disciplina analitica degli aspetti procedurali", che invece risulterebbe necessaria per neutralizzare "il dislivello giuridico derivante dalla extraterritorialità, assicurando ai migranti condotti nei siti albanesi eguali garanzie rispetto ai migranti in territorio italiano". Un'altra criticità "è stata ravvisata - dai giudici - nella materiale impossibilità, in caso di detenzione all'estero, di rimettere in libertà l'individuo, una volta che siano cessati gli effetti del titolo del trattenimento. In base al protocollo, infatti, lo straniero non può essere rilasciato in Albania e deve essere ricondotto in Italia, con la conseguenza che, considerati i tempi tecnici necessari per il trasferimento su una nave o per via aerea, appare oltremodo probabile che si verifichi un trattenimento dello straniero sine titulo della durata di diverse ore, se non addirittura di alcuni giorni".
La Corte, inoltre, ha sottolineato "come le modalità di esercizio del diritto di difesa delle persone straniere trattenute in Albania non risultano disciplinate da norme legislative, ma affidate alla discrezionalità del responsabile italiano del centro". Per quanto riguarda il diritto alla salute, invece, la Cassazione ha posto l'accento sul fatto che il livello di assistenza sanitaria albanese non è comparabile con quello italiano. Il protocollo, infatti, stabilisce che "in caso di esigenze sanitarie alle quali le autorità italiane non possono far fronte, le autorità albanesi collaborano con le autorità italiane responsabili delle medesime strutture per assicurare le cure mediche indispensabili e indifferibili ai migranti ivi trattenuti".
Se le opposizioni hanno colto la palla al balzo per attaccare il governo dopo questa relazione, il deputato di Fratelli d’Italia e vice Presidente della Commissione Affari Costituzionali Riccardo De Corato ha fatto notare invece che "le decisioni in materia di politica migratoria e accordi internazionali spettano al potere esecutivo e legislativo, cioè a chi ha ricevuto un mandato democratico da parte dei cittadini. La valutazione sulla costituzionalità di una norma o di un accordo non è attribuita né alla dottrina né a organi tecnici interni al potere giudiziario, ma a due istituzioni precise: il Presidente della Repubblica, in sede di promulgazione, e la Corte Costituzionale, qualora venga sollevata una questione formale".